Berdasarkan SK Direktur Jenderal Pendidikan Islam No. Dj.I/1813/2011 jo SK Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 1330 Tahun 2017, IAIN Pekalongan diberi amanat untuk menyelenggarakan Pascasarjana (S.2) dengan dua Program Studi: Pendidikan Agama Islam dan Hukum Keluarga (Ahwal Syakhshiyyah). Amanat tersebut merupakan respon atas permohonan IAIN Pekalongan dalam meningkatkan pelayanan pendidikan tingkat tinggi yang kompeten dalam ilmu keislaman, profesional dan bertanggung jawab terhadap transformasi sosial masyarakat muslim dalam bingkai Negara Kesatuan Republik Indonesia

 Pascasarjana IAIN Pekalongan dikelola secara profesional dengan berpijak pada Islam Rahmatan Lil Alamin. Program studi yang dikelola telah terakreditasi oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT). Hingga saat ini Pascasarjana IAIN Pekalongan telah meluluskan magister, dan alumninya terserap di berbagai instansi, baik pemerintah maupun swasta. Seiring dengan perkembangan keilmuan dan kebutuhan akan SDM yang berkualitas, Pascasarjana selalu berbenah diri untuk menghasilkan lulusan yang kompetitif, sejalan dengan Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 8 Tahun 2012 tentang Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia (KKNI).

 Program Magister Hukum keluarga pascasarjana merupakan prodi lanjutan Jurusan Hukum keluarga (Ahwal Syakhshiyyah) Fakultas Syari'ah, yang membahas dasar-dasar hukum kekeluargaan di Indonesia. Program studi Hukum Keluarga Pascasarjana IAIN Pekalongan telah terakreditasi B dengan SK BAN-PT NOMOR:576/SK/BAN-PT/Akred/M/II/2018. Sedangkan Program Magister Pendidikan Agama Islam telah terakreditasi B dengan SK BAN-PT Nomor : 847/SK/BAN-PT/Akred/M/III/2018. Porgram Magister ini diharapkan mampu memajukan bidang Pendidikan dan Hukum Keluarga di wilayah pekalongan dan kota-kota disekitarnya dan menambah semangat mahasiswa untuk melanjutkan studi S2-nya di Program Magister IAIN Pekalongan.